实验室按照科技部的规定实行“ 开放、流动、联合、竞争 ”的运行机制，实行依托单位领导下的主任负责制。实验室直接依托北京大学。实验室学术委员会发挥学术指导和审议的作用。
学校和实验室注重规范化的日常运行与管理。学校还设立了实验室主任基金，每年提供一定的经费，用于实验室的开放和运行。我们参照科技部制定的《国家重点实验室建设与管理暂行办法》和教育部制定的《教育部重点实验室建设与管理暂行办法》，将过去的一些规章制度加以整合，制定了自己的重点实验室的管理办法内容包括总则、实验室固定人员、实验室的科研组织与管理、开放课题与实验室客座人员、国内外合作研究与学术交流、实验室设备网络和资料等的管理、实验室学术委员会、实验室主任、依托单位、考核与评估。该管理办法规定了实验室固定人员的权利与义务，课题组的权限与职责，开放课题、设备、局域网等的管理办法，实验室主页的建设与维护，实验室年报的出版和资料档案工作，学术委员会的年度会议制度，实验室主任的职责，实验室与学校和物理学院的关系等，涉及实验室运行管理的各主要方面。此外，实验室还制定了防护安全制度，各大型设备均制定了操作规程，建立了运行维修记录。
实验室在运行经费非常缺乏的情况下，仍坚持每年向国内外的几十家科研单位提供开放课题并制定了开放课题管理办法，开放课题申请指南每年更新。在实验室开放课题的持续支持下，若干研究项目取得了突出的成绩。如得到我实验室开放课题连续七年重点资助的山东大学王克明教授课题组的 “粒子与光电材料相互作用的应用基础研究” 于2005年获得国家自然科学奖二等奖。
实验室学术委员会每年举行会议。委员们在会议上听取实验室主任的年度工作报告和学术报告，对实验室的研究方向、发展战略等重大事宜进行审议，并审批实验室的开放课题。每年的学术委员会会议均有会议纪要，经学术委员会主任审查签字后收入实验室年报，是实验室学术发展的指导性文献。
实验室实行课题组聘任制（学术小组PI）制，课题组长（首席科学家）对本课题组的研究任务、经费使用等全权管理。课题组成员可根据自身的发展及课题组研究项目的变动，在不同课题组之间流动。
在工程技术队伍的管理方面，制定一套合理可行的工程技术人员岗位职责和考核标准，奖勤罚懒，对没有达到考核标准的工程技术人员采取降低岗位津贴级别等措施。在工程技术人员工作安排上打破团队界限，对能提供共同技术支撑的人员，实验室根据整体需求统一安排，充分发挥每个工程技术人员的作用，提高效率。
附：核物理与核技术重点实验室管理办法
